Одељење је настало из потребе Лабораторије Института да има посебну јединицу која може да одговори на специфичне захтеве комитената Института, извозника и увозника хране и инспекцијских органа у вези са квалитетом, безбедношћу и провером аутентичности одређених врста хране, првенствено млечних и производа на бази млека, али и меда, чоколаде, и других намирница. Главни задатак у време оснивања Одељења за инструменталну хемију је био развој нових метода по захтеву комитената и контролних тела из области хране, односно да допринесе опсежнијој провери квалитета, безбедности и аутентичности хране која се производи и пласира на нашем тржишту, извози у земље региона и ЕУ или увози у нашу земљу за потребе великих продајних ланаца. Када је настало, одељење је имало 13 акредитованих метода подељених у 4 поддисциплине.
Методе које су акредитоване у том периоду су:
- Одређивање прехрамбених боја високоефикасном течном хроматографијом са ПДА детекцијом (ХПЛЦ/ПДА) – проширење, шифра методе: 02Х.01.031
- Одређивање холестерола применом високоефикасне течне хроматографије (методом ХПЛЦ-ПДА) – проширење, 02Х.01.029
- Одређивање неорганских ањона јонском хроматографијом, 02И.01.004
- Одређивање шећера у храни за животиње, кућне љубимце и храни применом јонске хроматографије са пулсном амперометријом, 02И.01.005
- Одређивање кофеина, бензоеве киселине, сорбинске киселине, ацесулфама К, аспартама и сахарина – Метода течне хроматографије високе перформансе, 02И.01.007
- Одређивање садржаја витамина А и Е високоефикасном течном хроматографијом (ХПЛЦ/ПДА), 02И.01.003
- Одређивање садржаја витамина Ц применом високоефикасне течне хроматографије (ХПЛЦ-ПДА), 02И.01.008
- Провера аутентичности пчелињег воска применом капиларне гасне хроматографије (ГЦ-ФИД), 02И.01.009
- Одређивање садржаја фумарне киселине високоефикасном течном хроматографијом (ХПЛЦ/ПДА), 02И.01.010
- Одређивање винске киселине високоефикасном течном хроматографијом (ХПЛЦ/ПДА), 02И.01.011
- Одређивање хесперидина и нарингина високоефикасном течном хроматографијом (ХПЛЦ/ПДА), СРПС ЕН 12148:2008
- Одређивање садржаја т-бутил хидроксианизола (БХА) и т-бутил хидрокситолуена (БХТ) применом високоефикасне течне хроматографије (ХПЛЦ/ПДА), 02И.01.002
- Одређивање садржаја кумарина високоефикасном течном хроматографијом (ХПЛЦ/ПДА), 02И.01.013
- Одређивање садржаја галата применом високоефикасне течне хроматографије (ХПЛЦ- ПДА), 02И.01.015
- Одређивање садржаја витамина Б2 применом високоефикасне течне хроматографије (ХПЛЦ-ПДА), 02И.01.016